干线铁路、城际铁路不断延展，市域（郊）铁路建设同样跑出加速度。跨省、跨市连接，打通城市轨交体系正成为长三角交通一体化的一大特色：上海地铁11号线与苏州地铁11号线在苏州花桥站无缝换乘；南京地铁S6号线连接南京与镇江句容；杭海城际铁路、杭绍城际铁路（绍兴市轨交1号线柯桥段）实现了杭州、嘉兴、绍兴三地的轨交网络联通。目前，长三角地区至少还有6条跨市的市域铁路正在建设，规划中的还有杭州-桐乡城铁、苏杭城铁、宣城（宁国）至杭州（临安）城铁等。

发达的铁路网尤其是高铁网，成为长三角一体化发展的标志性成就之一，也为区域高质量发展提供了可靠的运力支撑。为进一步便利出行，三省一市去年底签署合作备忘录，启动长三角交通领域“一码通行”。根据安排，2023年已启动上海与苏州、嘉兴等的互联互通试点，今年将启动沪苏浙皖另11个市的互联互通，包括杭州、台州、绍兴、宁波，南京、无锡、徐州、南通、淮安、连云港以及合肥，2025年进一步扩大范围。

据国家发改委的《长江三角洲地区多层次轨道交通规划》，到2025年“轨道上的长三角”将基本建成，形成包括干线铁路、城际铁路、市域（郊）铁路、城市轨道交通的多层次、优衔接、高品质的轨交系统，有效支撑基础设施互联互通和区域一体化发展。轨交总里程达2.2万公里以上，高铁通达地级以上城市，铁路联通全部城区常住人口20万人以上的城市，轨交运输服务覆盖80%的城区常住人口5万以上的城镇。