科研绘图系列：R语言组合热图和散点图
创始人
2024-12-16 20:34:03
0次

介绍

热图展示参与者的属性，散点图表示样本的时间跨度。

加载R包

library(tidyverse) library(ComplexHeatmap) library(circlize) library(cowplot)

导入数据

数据可从以下链接下载（画图所需要的所有数据）：

  • 百度云盘链接: https://pan.baidu.com/s/1iEE9seTLdrrC3WDHJytvIQ

  • 提取码: yvf5

load("figure1ab.RData")

数据预处理

tumortype_order <- tmn_meta_data$dx1_tumortype %>%    table %>% sort %>% names patient_order <- with(tmn_meta_data, setNames(dx1_tumortype, upn)) %>%    .[order(match(., tumortype_order))] %>% names  tmn_meta_data_processed <- tmn_meta_data %>%   mutate(upn = factor(upn, l

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