科研绘图系列：R语言GWAS曼哈顿图（Manhattan plot）
创始人
2024-11-15 10:40:36
0次

在这里插入图片描述

介绍

曼哈顿图（Manhattan Plot）是一种常用于展示全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study, GWAS）结果的图形。GWAS是一种研究方法，用于识别整个基因组中与特定疾病或性状相关的遗传变异。

特点：

  1. 染色体表示：曼哈顿图通常将每个染色体表示为一个水平条，染色体的位置对应于其在人类基因组中的位置。
  2. -Log10 P值：图中的每个点代表一个单核苷酸多态性（SNP）或遗传标记，其在染色体上的位置与-Log10转换后的P值相关联。P值是统计测试中用来评估观察到的遗传变异与特定疾病或性状关联的显著性。
  3. 阈值线：图中会画出一条阈值线，通常对应于常用的显著性水平，如P < 5 × 10^-8。超过这条线的点表示其关联性通过了多重比较校正，被认为是统计显著的。
  4. 颜色编码：不同的颜色可以用于区分不同的染色体，或者表示不同的P值范围。
  5. 可视化密集区域：曼哈顿图可以直观地展示遗传变异的密集区域，这些区域可能包含与疾病相关的基因。

表示的意义：

  • 遗传关联性：曼哈顿图展示了不同遗传变异与疾病或性状之间的关联强度。
  • 统计显著性：通过-Log10 P值的可视化，可以快速识别哪些遗传

上一篇：SolidEdge二次开发(C#)-环境配置

下一篇：【原创】手动安装open-webui，非官方docker安装方法，可汉化ui

相关内容

热门资讯

快速方便地下载huggingf... 快速方便地下载huggingface的模型库和数据集方法一：用于使用 aria2/wg...
回文串-新华三2023笔试(c... 题目链接回文串-新华三2023笔试(codefun2000)题目内容给定一个长度为 n 的字符串&#...
vue实现电子签名、图片合成、... 业务功能：电子签名、图片合成、及预览功能业务背景：需求说想要实现一个电子...
pygame制作游戏第一天 pygame制作第一天 截个图首先还是黑屏哈。后面找时间慢慢做地图跟其他角色，还有攻击...
安装Ubuntu系统+深度学习... 安装Ubuntu系统+深度学习服务器配置+多用户操作安装Ubuntu系统深度学习服务...
Google警告：安卓两个0-... 关键词：Google；安卓；Http/2；D...
Github 2024-07-... 根据Github Trendings的统计，今日(2024-07-29统计)共有10个项目上榜。根据...
ICC2：分段长tree简易版... 我正在「拾陆楼」和朋友们讨论有趣的话题，你⼀起来吧？拾陆楼知识星球入口分段长tree让一部分sink...
用60行python代码制作一...  扫雷游戏（Minesweeper）是一个经典的逻辑游戏，...
冯诺依曼体系结构与操作系统 冯诺依曼体系结构以及操作系统初步理解冯诺依曼体系操作系统冯诺依曼体系如下图： 那么为什...