科研绘图系列：R语言GWAS曼哈顿图（Manhattan plot）
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2024-11-15 10:40:36
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介绍

曼哈顿图（Manhattan Plot）是一种常用于展示全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study, GWAS）结果的图形。GWAS是一种研究方法，用于识别整个基因组中与特定疾病或性状相关的遗传变异。

特点：

  1. 染色体表示：曼哈顿图通常将每个染色体表示为一个水平条，染色体的位置对应于其在人类基因组中的位置。
  2. -Log10 P值：图中的每个点代表一个单核苷酸多态性（SNP）或遗传标记，其在染色体上的位置与-Log10转换后的P值相关联。P值是统计测试中用来评估观察到的遗传变异与特定疾病或性状关联的显著性。
  3. 阈值线：图中会画出一条阈值线，通常对应于常用的显著性水平，如P < 5 × 10^-8。超过这条线的点表示其关联性通过了多重比较校正，被认为是统计显著的。
  4. 颜色编码：不同的颜色可以用于区分不同的染色体，或者表示不同的P值范围。
  5. 可视化密集区域：曼哈顿图可以直观地展示遗传变异的密集区域，这些区域可能包含与疾病相关的基因。

表示的意义：

  • 遗传关联性：曼哈顿图展示了不同遗传变异与疾病或性状之间的关联强度。
  • 统计显著性：通过-Log10 P值的可视化，可以快速识别哪些遗传

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