在医学实验室中,血细胞的检测和分类是诊断和研究的重要环节。传统方法依赖于人工显微镜检查,费时且容易出现误差。通过深度学习技术,特别是目标检测模型YOLO,可以实现自动化、快速且准确的血细胞检测和分类。
安装Anaconda并创建虚拟环境:
conda create -n cell_detection python=3.8 conda activate cell_detection 安装必要的Python库:
pip install torch torchvision torchaudio pip install opencv-python pip install flask pip install pandas 安装YOLO:
pip install -U git+https://github.com/ultralytics/yolov5 使用公开的血细胞数据集,例如Kaggle上的Blood Cell Detection数据集。
数据集下载链接:https://www.kaggle.com/datasets/paultimothymooney/blood-cells
使用LabelImg工具进行数据标注,生成YOLO格式的标注文件。
安装LabelImg:
pip install labelImg 运行LabelImg进行标注:
labelImg 将数据集划分为训练集、验证集和测试集:
import os import shutil import random def split_dataset(source_dir, train_dir, val_dir, test_dir, train_ratio=0.7, val_ratio=0.2): all_files = os.listdir(source_dir) random.shuffle(all_files) train_count = int(len(all_files) * train_ratio) val_count = int(len(all_files) * val_ratio) for i, file in enumerate(all_files): if i < train_count: shutil.move(os.path.join(source_dir, file), train_dir) elif i < train_count + val_count: shutil.move(os.path.join(source_dir, file), val_dir) else: shutil.move(os.path.join(source_dir, file), test_dir) split_dataset('data/source', 'data/train', 'data/val', 'data/test') 下载YOLOv5预训练权重,并修改配置文件:
# example.yaml train: data/train val: data/val nc: 3 # number of classes (RBC, WBC, Platelets) names: ['RBC', 'WBC', 'Platelets'] 运行以下命令开始训练:
python train.py --img 640 --batch 16 --epochs 50 --data example.yaml --cfg yolov5s.yaml --weights yolov5s.pt 使用验证集评估模型性能,并进行必要的超参数调优:
from sklearn.metrics import accuracy_score, recall_score, f1_score y_true = [...] # true labels y_pred = [...] # predicted labels accuracy = accuracy_score(y_true, y_pred) recall = recall_score(y_true, y_pred, average='macro') f1 = f1_score(y_true, y_pred, average='macro') print(f"Accuracy: {accuracy}, Recall: {recall}, F1 Score: {f1}") 创建项目目录结构:
blood_cell_detection/ ├── app.py ├── templates/ │ ├── index.html │ └── result.html ├── static/ │ └── styles.css └── models/ └── yolov5s.pt 编写网页模板:
index.html
Blood Cell Detection { url_for('static', filename='styles.css') }}"> Blood Cell Detection
result.html
Result { url_for('static', filename='styles.css') }}"> Detection Result
{ url_for('static', filename='uploads/' + filename) }}" alt="Uploaded Image"> {{ result }}
from flask import Flask, request, render_template, url_for import os from werkzeug.utils import secure_filename import torch from PIL import Image app = Flask(__name__) app.config['UPLOAD_FOLDER'] = 'static/uploads/' model = torch.hub.load('ultralytics/yolov5', 'custom', path='models/yolov5s.pt') @app.route('/') def index(): return render_template('index.html') @app.route('/predict', methods=['POST']) def predict(): if 'file' not in request.files: return 'No file part' file = request.files['file'] if file.filename == '': return 'No selected file' if file: filename = secure_filename(file.filename) filepath = os.path.join(app.config['UPLOAD_FOLDER'], filename) file.save(filepath) img = Image.open(filepath) results = model(img) results.save(save_dir=app.config['UPLOAD_FOLDER']) return render_template('result.html', filename=filename, result=results.pandas().xyxy[0].to_json(orient="records")) if __name__ == '__main__': app.run(debug=True) 使用Gunicorn部署
pip install gunicorn gunicorn -w 4 app:app 部署到AWS EC2实例
本地测试
使用多个血细胞图像进行测试,记录检测结果和性能指标。
在线测试
部署到云服务器后,提供在线测试链接供用户体验。
模型优化
系统优化
本项目通过构建基于YOLO的血细胞检测系统,展示了深度学习在医学影像分析中的应用。系统从数据准备、模型训练到UI界面开发和部署,提供了完整的解决方案。
系统扩展
进一步优化模型,提高检测准确性,扩展到其他医学图像分析任务。
更多应用场景
将该技术应用于更多的医学检测场景,如癌细胞检测、细菌分类等。
声明:本文只是简单的项目思路,如有部署的想法,想要(UI界面+YOLOv8/v7/v6/v5代码+训练数据集+视频教学)的可以联系作者.
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