htsjdk库ReferenceSequence类介绍
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2024-11-12 03:40:15
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ReferenceSequence是 HTSJDK 库中的一个类，用于表示基因组参考序列的一个特定区域。它是处理参考基因组数据时的关键类，提供了对参考序列的访问和操作功能。

ReferenceSequence类概述

功能

  • 表示参考序列：

    • ReferenceSequence类封装了参考基因组中某个 contig（染色体或 contig）的序列数据，包括序列的名称、起始位置以及实际的核苷酸序列。

  • 提供序列数据：

    • 该类提供了对序列的各种操作，如获取序列的碱基字符串、访问序列的部分区域等。
主要属性和方法

  1. 序列名称和位置：

    • getName()：返回参考序列的名称（即 contig 名称）。
    • getStart()：返回序列的起始位置（1-based）。
    • getEnd()：返回序列的结束位置（1-based）。

  2. 序列数据：

    • getBaseString()：返回参考序列的核苷酸字符串（即序列本身）。例如，"ACGT"。
    • getBases()：返回参考序列的碱基数组。
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