MySQL数据库确实会占用物理空间，主要由于数据文件、日志文件和索引等组成，掌握如何减小备份文件的大小变得非常关键，可以有效节省存储空间，并提高数据处理效率，下面将详细介绍相关的方法和步骤：

1、优化数据表：定期对数据库表进行优化，可以使用OPTIMIZE TABLE命令来重新整理表的空间，并减少碎片，这有助于减少数据文件的大小。

2、清理无用数据：定期审查数据库中的旧数据或不再需要的数据，并进行删除，这不仅可以减少备份时的数据量，还能提升数据库的整体性能。

3、压缩备份文件：使用如mysqldump进行备份时，可结合gzip等工具对备份文件进行压缩。mysqldump u [username] p[password] alldatabases | gzip > backup.sql.gz。

4、删除不必要的备份文件：定期检查备份目录，删除过旧或不再需要的备份文件，这可以手动完成，或通过脚本自动化。

5、选择性备份：不必每次都备份所有数据，可以只备份自上次完整备份以来发生变化的文件，使用增量备份或差异备份可以显著减少备份文件的大小。

6、利用数据库快照：某些系统允许创建数据库的快照，这是一种快速且节省空间的备份方法，快照通常只记录数据的变化，而不是整个数据集合。

7、定期清理日志文件：MySQL的日志文件，如错误日志和慢查询日志，随时间增长会占用大量空间，通过配置设置定期自动清理这些日志文件，或手动删除不再需要的日志。

8、评估存储引擎的选择：不同的存储引擎对数据的存储方式不同，可能会影响数据文件和索引的大小，InnoDB通常提供更好的数据压缩选项。

通过实施以上策略，可以有效地减少MySQL数据库的物理空间占用及其备份文件的大小，这不仅帮助节省存储成本，还可能改善数据库的性能和响应速度。

MySQL数据库在物理空间的占用及其备份文件的大小都可以通过多种方法得到有效控制，通过持续的监控和优化，可以确保数据库系统以最佳状态运行，同时最大化资源的使用效率。