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一是在重大科技项目的选择上要慎重决策、科学决策，避免重复建设。我国历来重视重大项目推动，在研在建重大科技工程和科技项目及方向众多，分布在全国各地，并由中央不同职能部门审批和管理。这就给重大项目在不同部门的重复立项（或者是部分的）留下了空间。因此，在启动实施新一轮重大科技项目之前，要对已有在研在建重大项目进行摸底，特别是要对分属不同中央部委的数据进行整合，比如由国家发改委或是科技部承担起数据统计和整合的功能，为中央各部委审批重大项目提供参考。
另外，要约束政府部门在上马科研项目上的“政绩思维”，力戒盲目上马重大科技工程的冲动。有些地方绕开国家规划和审批，采用非常规方式，匆忙上马重大科技基础设施建设项目。这不仅会破坏重大科技基础设施由国家层面统一规划的传统和国际通行规则，影响国家的整体规划，还可能会形成一批新的“烂尾”工程。因此，要防止重大科技基础设施低水平重复建设和无序竞争，加强对重大科技基础设施的规划和管理。
二是在重大科技项目立项时要克服单一群体对重大科技计划的消极影响，要警惕某些科学共同体（精英科学家）出于小团体利益或局部利益的考虑，左右重大科技项目选题的推荐和决策。重大科技项目的选题本应坚持多价值协同、多主体协同、多学科协同，但在实际工作中，选题往往由有较大话语权的某个或某几个专家主导，未能与其他创新主体充分互动，难以实现科学判断、产业判断、经济判断和政治判断的有机融合。例如，对于探索性、战略性技术研发类重大科技项目的选题，学界和产业界由于缺乏深入的交流探讨，凝聚共识不充分，容易受局部利益、部门利益左右。在项目申报评审时，常常出现“重量级”人物“一锤定音”的现象。这种选题主体的错位会导致部分重大科技项目立项偏离国家最急迫的战略需求，体现国家战略、国家目标和国家意志不足，不利于创新竞争和整体发展。
三是在重大科技项目的落地组织实施上，要尽量避免长期以来我国科技项目组织实施中的责权利不清晰等沉疴痼疾。国家重大科技任务项目管理的责任机制不健全，责权利一致的管理体系尚待完善。一些项目责任人、责任单位不明确，追责机制缺失；一些项目政绩工程痕迹明显，仓促上马最后烂尾；还有一些项目的重要责任人年龄偏大，履职能力缺失，甚至徒挂虚名，从不过问。这些问题都导致重大科技项目的立项和发包成了不同科研单位利益关系的交换，项目上马时轰轰烈烈，项目结项时草草了事，项目过程管理混乱。
此外，在实际工作中，一些创新主体特别是技术创新企业与科研机构结合不紧密，往往为了获得资助而申报，选题和项目实施过程隐含着“套利”目的，经费用完意味着项目结束，与研发初心渐行渐远。这些重大科技项目实际管理中存在的沉疴痼疾，急需在启动新一轮重大科技项目过程中引起高度重视。
四是要对基础科学研究项目与重大应用或工程类项目实施分类管理。科学研究要服务国家战略，这是天经地义、毋庸置疑的。但是，在实际工作中，不能把“国家战略”庸俗化。当前，在科学研究面向“国家需求”和“国家战略”的语境下，基础科学研究领域“敢于理直气壮地说自己的研究纯粹是出于好奇心的人恐怕越来越少”。这对基础科学研究的长远发展是不利的。要在“国家战略驱动”与“好奇心驱动”之间保持一定的张力，不同性质的研究项目应该采取不同的选题模型和组织方式，不同选题方式之间应该形成较大“张力”。
当下，一部分重大项目组织模式不够科学高效，存在重大科技项目组织方式错位的现象。一方面，以“工程思维”的组织方式去管理基础研究。比如，在生命健康这类发展速度快、前沿突破点多的领域设立大项目、大计划，组织大量人力物力开展一些简单重复的成熟技术研究，不仅造成资源浪费，而且影响领域创新生态。另一方面，又以基础研究的组织方式和特点去攻关国家重大工程问题。比如将国家重大科技专项层层分解为项目、课题、子课题，用组织开展基础研究的课题制来组织重大科技工程任务，项目管理松散，很难达到预期目的。因此，急需根据不同类型创新活动的规律，形成并采用最恰当的项目组织模式，用符合基础科学研究规律的方式去组织实施基础科学研究，用符合工程开发规律的方式去组织重大科技工程的研发。
五是要加强重大科技项目的服务与管理，进一步有效落实“科研经费包干制”。科研本身所具备的自由探索的特点，决定了科研活动所具备的不确定性的特征。而目前主要使用的科研项目经费预算管理制度，则要求科研工作者在项目申请之初，编制完善的预算，并严格按照预算使用经费。科研的不确定性与科研经费预算制度的确定性之间的冲突一直饱受诟病，科研人员不得不花费大量精力应付烦琐的科研经费使用管理要求。以前曾有“要做课题组长，先要学会财务”的说法。在攻克科技难题的过程中，需要一批潜心做事的科研人员，为了给他们营造更好的科研氛围，必须提高科技项目的管理效率。目前，国家科研项目计划“科研经费包干制”正在试点中，应尽快将这些政策细化并落地，特别是要打消管理部门对“放权”的顾虑，为重大项目研究营造更加宽松自由的创新环境，在给项目团队经费使用放权的同时，加强服务和管理，确保国家经费和人才队伍的双重安全。